《秘密授课》是一部奇幻校园悬疑成长漫画，一所普通高中里，转学生白夜被选入“特别辅导班”，授课老师是一位年轻貌美的女教师，但她教的不是课本，而是“观察人心”“潜入梦境”“预知三秒”等超能力。白夜和另外四位同学每周五晚秘密上课，逐渐发现老师是来自“能力管理局”的特工，而他们五人都是潜在能力者。与此同时，一股神秘势力正试图抓捕这些孩子，白夜必须带领伙伴们掌握能力、保护自己，同时揭开自己身世的惊人真相。每一次授课都是一次生死考验，而老师严厉背后藏着对他们的深深疼爱。
白夜第一次走进空教室，老师关掉灯，墙上出现一片星图：“今晚我们学如何看见别人的梦。”
白夜潜入同学小林的噩梦，发现一只黑雾怪物在吞噬他的记忆，他用老师教的“光盾”逼退怪物。
老师在操场上扔出篮球，让白夜预判落点，白夜连续失败，老师却说“你刚才预知了下一秒我眨眼的瞬间”。
一名黑衣人闯入教室，老师与他对战，白夜第一次看到老师受伤，他愤怒地爆发出蓝色火焰。
白夜在家中旧物里找到一张照片，照片中的婴儿身边站着老师，他震惊地发现老师可能是他的亲生母亲。
白夜问老师为什么不早告诉他，老师轻声说：“因为我想让你用自己的力量保护自己，而不是依赖我。”